കുഞ്ഞന്പിള്ള തിരികെ നാട്ടില് വന്നത് ഏതാണ്ടൊരു ലോകബാഹ്യന്റെ നിലയിലാണ് ഉപനിഷത്തുക്കള്, മന്ത്രതന്ത്രഭേതങ്ങള്, വാദമുറ, ദര്ശനങ്ങള് എന്നിവയിലെല്ലാം അദ്ദേഹം അഗാധവൈദുഷ്യം നേടിയിരുന്നു. യോഗമാര്ഗ്ഗങ്ങളാണെങ്കില് ആസനങ്ങള്, വസ്തിവിധി, പൂരകരേചകാദിമാര്ഗ്ഗങ്ങള്, ബന്ധമുറകള് ധൗതികള് മുതലായവയില് കൃതഹസ്തനായിക്കഴിഞ്ഞിരുന്നു. ഏതെല്ലാം കലകളിലാണ് അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രാവീണ്യം സ്തിതിചെയ്തിരുന്നെന്നു ഖണ്ഡിച്ചുപറയാന് വിഷമമായവിധം അതിന്റെ പരിധി അത്ര വിപുലമായിരുന്നു. സംഗീതത്തിലും സകലവിധ ഗാനോപകരണങ്ങളുടെ വിചഷണമായ പ്രയോഗത്തിലും ആരെയും അത്ഭുതപ്പെടുത്തുവാനുള്ള വൈദഗ്ധ്യവും അതിനകം നേടിയിരുന്നു. മാത്രമല്ല മല്ലയുദ്ധമുറ മുതലായ കായികഅഭ്യാസങ്ങളിലും മര്മ്മവിദ്യയിലും പാടവവും സമ്പാദിച്ചുകഴിഞ്ഞിരുന്നു. പരിചയക്കാരും സുഹൃത്തുക്കളും അമ്പരപ്പോടും കുറെയൊക്കെ ഭയാശങ്കകളോടും കൂടിയാണ് കുഞ്ഞന്പിള്ളയെ നോക്കിയത്. ചിലര് ഒരു മഹാമാന്ത്രികനായി അദ്ദേഹത്തെ കരുതി മറ്റുചിലര് ഒരു കണ്കെട്ടുവിദ്യക്കാരനെന്നുപറഞ്ഞു. അധികംപേരും, ഒരു യോഗാഭ്യാസിയും ഒരുസിദ്ധനുമാണദ്ദേഹമെന്നു മനസ്സിലാക്കി. ആകപ്പാടെ കുഞ്ഞന്പിള്ള ഒരു അധൃഷ്യപുരുഷനായി പരിഗണിക്കപ്പെട്ടു. അന്നദ്ദേഹത്തിന് ഇരുപത്തേഴു വയസ്സിനുമുകളില് പ്രായമായിരുന്നില്ല.
മടക്കത്തിനുശേഷവും അദ്ദേഹം സ്വസ്തനായിരുന്നില്ല. ആത്മീയവും വൈജ്ഞാനികവുമായ തന്റെ സിദ്ധികളെ സ്വദേശത്തെ സാഹചര്യങ്ങള്ക്കു അനുഗുണമാക്കാനുള്ള ഒരു ശ്രമമായിരുന്നു പിന്നീട് ചെയ്തത്. മന്ത്രതന്ത്രാദികളും മറ്റും സംബന്ധിച്ച് അനേകം അപൂര്വ്വ ഗ്രന്ഥങ്ങള് അടങ്ങിയ ഒരു ഗ്രന്ഥപ്പുര കൂപക്കരമഠം എന്ന പുരാതന ബ്രാഹ്മണഗൃഹത്തില് ഉള്ളതായി അദ്ദേഹത്തിന് അറിയാമായിരുന്നു. ആര്ക്കും പ്രവേശനമില്ലാത്ത ആ ഗ്രന്ഥപ്പുരയില് അദ്ദേഹത്തിനു പ്രവേശനം കിട്ടി. വീണ്ടും ലഭിക്കാന് വിഷമമെന്നുതോന്നിയ ആ അപൂര്വാവസരത്തെ പരമാവധി പ്രയോജനപ്പെടുത്തണമെന്നു കരുതി മൂന്നു നാലു ദിവസം അദ്ദേഹം ആഹാരവും നിദ്രയും വെടിഞ്ഞ് ആ ഗ്രന്ഥപ്പുരയില് ഇരുന്ന് മന്ത്രതന്ത്രങ്ങള് മനസ്സിലാക്കുകയും പലതും രേഖപ്പടുത്തികൊണ്ട് പോരുകയും ചെയ്തു. ക്ഷേത്രപൂജ, ബിംബപ്രതിഷ്ഠ, ഭൂതബലി മുതലായ കേരളീയക്ഷേത്രങ്ങളോടനുബന്ധിച്ചുള്ള മന്ത്രതന്ത്രങ്ങളും മറ്റുമാണ് അന്നു അദ്ദേഹം വശമാക്കിയതെന്നു പറയപ്പെടുന്നു.
പരദേശ പര്യടനത്തിനുശേഷം കുഞ്ഞന്പിള്ള തന്റെ ബന്ധുഗൃഹമായിരുന്ന തമ്പാനൂര് കല്ലുവീട്ടിലാണു താമസമുറപ്പിച്ചത്. മുമ്പുതന്നെ അദ്ദേഹം അവിടെ നിത്യസഹവാസിയായിരുന്നു. അവിടത്തെ ഒരു ഉദ്ദ്യോഗസ്ഥന് ആയിട ചില മരാമത്തുപണികള് സംബന്ധിച്ച് നെടുമങ്ങാട്ടിനടുത്തുള്ള വാമനപുരത്തുതാമസമായിരുന്നപ്പോള് സ്വാമികള് ആസ്ഥലങ്ങളില് പലയിടത്തും സഞ്ചരിച്ചു. അക്കാലത്തായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ മാതാവിന്റെ ചരമം. പരിവ്രാജകനായ പുത്രന്റെ ശുശ്രൂഷയില് തന്നെ മരിക്കാനുള്ള ഭാഗ്യം ആ സ്ത്രീക്കുണ്ടായിരുന്നു. മാതൃകര്മ്മങ്ങള് കഴിഞ്ഞയുടന്തന്നെ അദ്ദേഹം തന്റെ ഗൃഹത്തോട് അവസാനയാത്ര പറഞ്ഞു. പിന്നെ ഒരിക്കലും അങ്ങോട്ടുപോകുകയുണ്ടായില്ല.
വിജ്ഞാനങ്ങളുടെയെല്ലാം മറുകര കണ്ടിട്ടും, ലോകഭോഗങ്ങളെല്ലാം പൂര്ണ്ണമായി പരിത്യജിച്ചിട്ടും ചട്ടമ്പിക്ക് പൂര്ണ്ണ സ്വസ്ഥത സിദ്ധിച്ചില്ല. ഏതോ ഒന്ന് ഇനിയും അറിയാന്, അനുഭവിക്കാന്, സാക്ഷാല്കരിക്കാന് കിടക്കുന്നുവെന്നുള്ളബോധം അദ്ദേഹത്തിന്റെ മനസ്സിനെ എപ്പോഴും ചലിപ്പിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. വീണ്ടും അദ്ദേഹം പട്ടണം വിട്ടിറങ്ങി. നേരേ മരുത്വാമലയിലേയ്ക്കും, ദക്ഷിണതിരുവിതാംകൂറിലേക്കുമാണ് പോയത്. വടിവീശ്വരത്തുവച്ച് മുമ്പെങ്ങുമുണ്ടായിട്ടില്ലാത്തൊരനുഭവം ഉണ്ടായി. ഒരു സദ്യയുടെ കോലാഹലത്തില് എച്ചിലിലചെന്നു വീണുകൊണ്ടിരുന്ന കുഴിയില് പട്ടികളുടെ ബഹളത്തിനിടയ്ക്ക് ഒരു പ്രാകൃതമനുഷ്യന് അവയോടൊന്നിച്ച് ഭക്ഷ്യങ്ങളുടെ അവശിഷ്ടങ്ങള് കഴിച്ചുകൊണ്ടിരുന്നു. കുസൃതികുട്ടികളുടെ കുസൃതിക്കുപാത്രമായി പതുങ്ങിയിരുന്നിരുന്ന ആ സാധുവില് സ്വാമികളുടെ ദൃഷ്ടി പതിഞ്ഞു. സ്വല്പം കഴിഞ്ഞ് അര്ദ്ധനഗ്നനായ അയാള് എഴുന്നേറ്റു ശീഘ്രത്തില് നടന്നുതുടങ്ങി. സ്വാമികളും പുറകേകൂടി. ഏതാനും നാഴിക നേരത്തേ നടപ്പിനുശേഷം അവര് ഒരു മലമുകളില് എത്തിയപ്പോള് ആ പ്രാകതമനുഷ്യന് തിരിഞ്ഞുനിന്നു. സ്വാമികള് ഭക്തിപൂര്വ്വം നമിച്ചു. അയാള് സ്വാമിയെ കെട്ടിപുണര്ന്ന് എന്തോ ദിവ്യമായ ഒരുപദേശം നല്കി. മുന്പെങ്ങും ഉണ്ടായിട്ടില്ലാത്ത ഒരു ആത്മ നിര്വൃതി അദ്ദേഹത്തിനനുഭൂതമായി. ക്ഷണനേരത്തിനുള്ളില് ആ പ്രാകൃതമനുഷ്യന് മലവാരങ്ങള്ക്കിടയില് മറയുന്നതായി അദ്ദേഹം കണ്ടു. അന്നുവരെ മനസ്സിനെ അലട്ടികൊണ്ടിരുന്ന സകല സംശയങ്ങളും അസ്വാസ്ഥ്യങ്ങളും നീങ്ങി ദിവ്യമായ ഒരാത്മബോധത്തോടെയാണ് കുഞ്ഞന്പിള്ള അവിടെനിന്നും തിരിയെ പോന്നത്. താമസിയാതെ തിരുവനന്തപുരത്തേക്ക് മടങ്ങി.