സ്വാമികളുടെ ജീവിതത്തിന്റെ ഉത്തരഘട്ടം രണ്ട് ശിഷ്യപ്രമുഖന്മാരുടെ സാഹചര്യത്താല് പ്രത്യേകം ധന്യമായിത്തീര്ന്നു. അവര് നീലകണ്ഠതീര്ത്ഥരും , തീര്ത്ഥപാദപരമഹംസരുമായിരുന്നു. ഇത്ര ഗുരുഭക്തിയും വിശ്വസ്തതയും തികഞ്ഞരണ്ടു ശിഷ്യന്മാരെ ചുരുക്കം സന്യാസിമാര്ക്കേ ലഭിച്ചുകാണുകയുള്ളൂ.
ശ്രീ നീലകണ്ഠ തീര്ത്ഥര് എല്ലാം കൊണ്ടും ഒരു അസാധാരണ പുരുഷനായിരുന്നു. യോഗവേദാന്താദികളിലുള്ള അഗാധജ്ഞാനം കൊണ്ടായാലും കാവ്യശാസ്ത്രാദികളിലുള്ള നിപുണതകൊണ്ടായാലും അദ്ദേഹത്തെ ജയിക്കാന് അന്ന് കേരളത്തിലെന്നല്ല ഇന്ത്യയില് തന്നെയും അധികമാരുമുണ്ടായിരുന്നില്ല. സ്വാമികളുടെ കത്തുകള് പരിശോധിച്ച് ജീവചരിത്രകാരന്മാര് ഉദ്ധരിച്ചിട്ടുള്ള രേഖകളുടെ കൂട്ടത്തില് ഉത്തരേന്ത്യയിലേയും ജര്മ്മനി മുതലായ വിദേശരാജ്യങ്ങളിലേയും പ്രശസ്ത സംസ്കൃതപണ്ഡിതന്മാര് സ്വാമികളുടെ വൈദുഷ്യത്തെ മുക്തകണ്ഠം പ്രശംസിച്ചിട്ടുള്ളതായിക്കാണാം. ഈ പ്രഗത്ഭപുരുഷന് ചട്ടമ്പിസ്വാമികളുടെ മുന്നില് വിധേയനായ ഒരു ബാലനെപ്പോലെയാണ് പെരുമാറിവന്നത്. തീര്ത്ഥപാദര് ശ്രീനീലകണ്ഠതീര്ത്ഥരുടെ അത്ര പ്രൗഢപണ്ഡിതനായിരുന്നില്ല. യോഗവേദാന്താദികളില് അത്രത്തോളം പ്രഗത്ഭനുമായിരുന്നില്ല. എങ്കിലും ഗുരുവിന് ഒട്ടും കുറഞ്ഞതായിരുന്നില്ല ഈ ശിഷ്യനോടുള്ള സ്നേഹവാത്സല്യങ്ങള്.
പ്രസ്തുത ശിഷ്യന്മാരാല് പരിസേവിതനായ സ്വാമികള്ക്ക് സമുദായമണ്ഡലത്തിലുണ്ടായിരുന്ന സ്വാധീനശക്തി നാള്ക്കുനാള് വര്ദ്ധിച്ചുവന്നു. നീലകണ്ഠതീര്ത്ഥരും തീര്ത്ഥപാദരും സാമൂഹികസേവനത്തില് ദൃഢവ്രതരായിരുന്നു. സ്വാമികളുടെ ആദര്ശങ്ങള് പ്രചരിപ്പിക്കാന് ഇരുവരും ഉറ്റുശ്രമിച്ചു. ആദ്ധ്യാത്മിക ചര്ച്ചകളിലും മതപരമായ ആചാരങ്ങളിലും ക്ലിപ്തവ്യവസ്ഥകളൊന്നും ഇല്ലാതിരുന്ന നായന്മാരുടെ ഇടയ്ക്ക് മുറയും രീതിയും ഉണ്ടാക്കാന് നീലകണ്ഠതീര്ത്ഥര് പലപദ്ധതികളും നടപ്പാക്കി. അവയിലെല്ലാം ഗുരുവിന്റെ ഉപദേശവും മാര്ഗ്ഗദര്ശനവുമാണ് അദ്ദേഹം സ്വീകരിച്ചത്. ആചാരപദ്ധതി ദേവാര്ച്ചാപദ്ധതി എന്നീ ഗ്രന്ഥങ്ങള് വഴി സ്വാമികള് നായര് സമുദായത്തിന് നിര്ദ്ദേശിച്ച ആചാരക്രമങ്ങള് ബ്രാഹ്മണരുടെ ആത്മീയമായ ചൂഷണത്തില്നിന്ന് സമുദായത്തെ രക്ഷിക്കാനുള്ള ഉപാദികളായി സ്വാഗതം ചെയ്യപ്പെട്ടു. അവയുടെ നിര്മ്മിതിയില് ചട്ടമ്പിസ്വാമികള് നല്കിയ പ്രേരണയും അവയെ പ്രചരിപ്പിക്കാന് അവിടുന്ന് ചെയ്ത യത്നവും സുവിദിതമായിട്ടുള്ളതാണ്.
തീര്ത്ഥപാദപരമഹംസരും ഗുരുവിന്റെ നിര്ദ്ദേശമനുസരിച്ച് സാമൂഹ്യ പ്രവര്ത്തനങ്ങള്ക്കായിത്തന്നെ ജീവിതം ഉഴിഞ്ഞുവച്ചു. സ്വാമികളുടെ ആദര്ശം പ്രചരിപ്പിക്കാന് തീര്ത്ഥപാദസമ്പ്രദായം എന്ന ആത്മീയപദ്ധതി ആരംഭിച്ചത് അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഉത്സാഹം കൊണ്ടായിരുന്നു. പ്രസംഗങ്ങളും പ്രബന്ധങ്ങളും കൊണ്ട് അവിടുന്ന് നടത്തിയ വിപുലമായ പ്രചരണങ്ങളും, അന്നത്തെ ഹിന്ദുസമുദായത്തില് പൊതുവേ അനല്പമായ ഒരുണര്വ്വുണ്ടാക്കിയിട്ടുണ്ട്. തിരുവനന്തപുരം മുതല് തൃശ്ശിവപേരൂര്വരെയുള്ള മിക്ക പ്രധാന സ്ഥലങ്ങളിലും അനവരതം സഞ്ചരിച്ചും, ഓരോസ്ഥലത്തേയും പ്രമാണികളായ ഗൃഹസ്ഥന്മാരുടെ വസതികളില് വിശ്രമിച്ചും ചട്ടമ്പിസ്വാമികള് തന്റെ ശിഷ്യന്മാരുടെ പ്രവൃത്തികള്ക്കു പിന്തുണ നല്കികൊണ്ടിരുന്നു. അക്കാലം അദ്ദേഹം ഇരുപേര്ക്കും അയച്ചിട്ടുള്ള കത്തുകള് സ്നേഹവാത്സല്യങ്ങള് നിറഞ്ഞവയാണ്.
1089-ല് സ്വാമികളുടെ ഷഷ്ട്യബ്ദപൂര്ത്തി സമാഗതമായി. ആഘോഷങ്ങളിലോ വ്യക്തിപരമായ കാര്യങ്ങളിലോ കേവലം അശ്രദ്ധനായ സ്വാമികള് ഈസംഭവത്തെ കാര്യമായി ഗണിച്ചതേയില്ല. എങ്കിലും ശിഷ്യന്മാര് ആ അവസരം നാട്ടിനും ഹിന്ദുമതസമുദായത്തിനും അനുഗ്രഹപ്രദമാക്കണമെന്നുറച്ചു. അതിന്റെ ഫലമായിട്ടാണ് എഴുമറ്റൂരെ ഭട്ടാരകാശ്രമത്തിന്റെ സ്ഥാപനം. തീര്ത്ഥപാദസ്വാമികളുടെ തീവ്രയത്നത്തിന്റെ ഫലമായി കുറഞ്ഞകാലംകൊണ്ട് മഹത്തായ ഒരു സ്ഥാപനം ഉയരുകയും ഗുരുവിന്റെ ഷഷ്ട്യബ്ദപൂര്ത്യുത്സവം യഥാവിധി അവിടെവച്ച് ആഘോഷിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു.
സ്വാമികള് തന്നെ ആ അവസരത്തില് അവിടെ സന്നിഹിതനായിരുന്ന് നിരവധി ശിഷ്യജനങ്ങളുടേയും സമുദായനേതാക്കന്മാരുടേയും ഉള്ളഴിഞ്ഞ ആരാധനയ്ക്ക് പാത്രമായി. ആസ്ഥാപനം അദ്ദേഹത്തെക്കൊണ്ടുതന്നെ അവര് ഉദ്ഘാടനം ചെയ്യിച്ചു.
ഏതാനും വര്ഷം കഴിഞ്ഞ് (1096-ല്) സംയമിയായ സ്വാമിക്കുപോലും ഹൃദയവ്യഥയുണ്ടാക്കിയ ഒരു സംഭവം നടന്നു. ശ്രീ.നീലകണ്ഠതീര്ത്ഥരുടെ സമാധി. അത് സമുദായത്തിന്റെ തന്നെ ഒരു നിര്ഭാഗ്യമായിരുന്നു. അതിന്റെ പ്രത്യാഘാതം എത്ര ദാരുണമായിരുന്നിട്ടും സ്വാമികള് ഒരു യഥാര്ത്ഥയോഗിയെപ്പോലെ അതിനെ അഭിമുഖീകരിച്ചു. നിര്ദ്ദിഷ്ടമായ കര്മ്മം നിര്വ്വഹിച്ചിട്ട് ഒരു ജീവന് അതിന്റെ വഴിക്കുപോയി എന്നേ അദ്ദേഹം കരുതിയുള്ളൂ. ശിഷ്യന്മാരെ പരമനിര്വൃതി പ്രാപ്തിയില് അദ്ദേഹം ആനന്ദിച്ചതേയുള്ളൂ. ആ വിയോഗത്തെപ്പറ്റി അദ്ദേഹം തീര്ത്ഥപാദര്ക്ക് അയച്ചകത്ത് ആരേയും അമ്പരപ്പിക്കുന്നതാണ്. അതില് ഇങ്ങനെയെഴുതി.
“കട്ടിലില് ചാരിയിരിത്തിയിരിക്കവേ ഞാനും അഞ്ചുമണിസമയത്ത് വന്നെത്തി. അളവറ്റതായ സന്തോഷത്തെ അനുഭവിച്ചിതാ……..
അവസാന ദേഹം അവസാനിച്ചതാണല്ലോ ഇത് അത് ഒരു ജീവന് ഒരുപ്രാവശ്യമല്ലാതെ പിന്നെ ഒരിക്കല്കൂടി ഇല്ലാത്തതായ നിത്യാനന്ദാവസ്ഥയാകയാല് ഇവിടെയുള്ള സുകൃതികളായ ഓമനസഹോദരങ്ങളുടെ ഭാഗ്യത്തെക്കുറിച്ചും സന്തോഷിക്കുന്നു. ഇതിനായിട്ടുതന്നെയാണ് ഞാനിവിടെ താമസിച്ചുപോയതും.”